לקראת חג הפסח, באופן מתוכנן מראש, במועד שנקבע בעזרת תזונאים ומשגיחי הכשרות, ננקטים מספר צעדים בכדי לאפשר ייצור חלב כשר לפסח לציבור. איסור החמץ בפסח חל לא רק על מזונו של היהודי, אלא גם על רכושו, לרבות חיות המשק. לפיכך על הרפתן להאביס את בע"ח במזון כשר לפסח. בנוסף חל איסור על הימצאות חמץ בסביבתו של הרפתן. לכן, לקראת חג הפסח מתחלף התפריט של בעלי החיים ברפת לכזה שאינו מכיל דגנים (שיבולת שועל, חיטה, שעורה שיפון) ומתבסס בעיקר על קטניות, תירס וחומוס כחלופה למיני הדגן המקובלים בשאר ימות השנה.
החלפת התפריט היא תהליך שאורך מספר שבועות, זאת בין היתר מכיוון שקיבת הפרות רגישה, ולכן החלפת המזון נעשית בהדרגה בפרק זמן מוקדם מספיק להשלמת התהליך שבוע לפני ערב חג הפסח. תחילה, מגישים את המזון החמץ והכשר מעורב, ומשנים בכל יום את התמהיל עד הגעה לכשרות מלאה.
בנוסף להחלפת התזונה מתבצע ניקיון יסודי של מכוני החליבה וסביבתם, עגלות החלוקה, מערבלי המזון וכל שאר המיכון משאריות מזון חמץ. בנוסף מנוקים האבוסים (מתקני ההאכלה) טרם תחילת השינוי בתזונה. מרגע הגעה למתחם כשר, אין לקרב מזון חמץ לאזור מכון החליבה ומיכלי החלב.
הכנת הכשרות במשקי החלב לחג הפסח נערכת בשני שלבים: בשלב ראשון, מתקינים מערכות סינון לחלב לפני כניסת החלב למיכל הכללי ברפת, כך שהחלב עובר סינון לפני כניסתו למיכל. בשלב השני קיים שינוי תפריט האכלה של הפרות, בעבר כשלא היו מערכות סינון חלב הכנת הכשרות לפסח ארכה לפחות 3 שבועות, היום נעשה התהליך תוך מספר ימים.
מלבד הכשרות, ישנה היערכות מיוחדת גם לביקושי מוצרי החלב הגדלים לקראת ובמהלך חג הפסח. במהלך השנה כולה מתקיימות פגישות שוטפות של מנהלי תפעול באגפים השונים של משק החלב הלאומי. פגישות אלו מאפשרות למחלבות השונות לייצר מוצרי חלב במלוא קווי הייצור והתפעול. אלו מבין המחלבות שקולטות חלב יותר משהן יכולות לעבד מעבירות את העודפים הצפויים למתקני הוויסות, כאשר כמויות החלב ומועדי ההעברה נקבעים בפורום מנהלי התפעול שמתכנס לפני החגים בעיקר.
בשיחה עם סמנכ"ל מועצת החלב, מר אלי ג'ורנו, הוא מסביר כיצד מנגנון זה מתרחב בפסח: "לקראת פסח אנחנו מבקשים מכל המחלבות להעביר דו"ח הערכות לקליטת חלב כחודש לפני החג, בו מפורטים כמויות החלב לעיבוד במחלבה וכן עודפי חלב שלא ניתן יהיה לעבד במחלבה. לאחר קליטת הנתונים, אנו מקיימים ישיבות מרוכזות של מנהלי התפעול, שם בודקים למי יש יכולת לאחסן ולעבד את החלב שברשותו ולמי אין. קבלת הנתונים והעבודה המשותפת והמאומצת סביב החג מאפשרת למקסם את עיבוד החלב למוצרי החלב".