הרפורמה בענף החלב שידרגה את הרפתות בישראל, במטרה לקדם את הרפת הישראלית ולהחיל עליה תקנים מודרניים של איכות הסביבה. בנוסף הביאה הרפורמה לשיפור דרמטי באיכות החלב, הגבירה את רווחת בעלי החיים, שיפרה תהליכי ייצור החלב והגדילה את היעילות ברפת.
הפרויקט החל בתחילת 1999, ביוזמה משותפת של ארבעה גופים: מועצת החלב, משרד החקלאות, משרד האוצר והמשרד להגנת הסביבה. במסגרת הרפורמה עבר הענף תהליך התייעלות וצמצום של כשליש ממספר הרפתות בישראל. ההשקעה הכוללת בביצוע הרפורמה הסתכמה מצד הרפתנים, מועצת החלב ומשרדי הממשלה בכ-2 מיליארד ש"ח.
ביצוע הרפורמה הסתיים בתחילת 2008, ונקבע כי הרפתות שלא יעמדו בדרישות איכות הסביבה, בהתאם לתנאי הרפורמה, יהיו חשופות לקנסות, תביעות משפטיות ואף לצווי סגירה.