לרפורמה בענף החלב נקשר המושג "רפת ירוקה". מונח אידיאולוגי זה מיוחס לכל רפת הכוללת במדיניותה את נושא איכות הסביבה ועוסקת כחלק משגרת היום יום ברווחת עדרי הבקר, פינוי שפכים, מיחזור מים, טיפול בחומרי הדברה ובתרופות, ושמירה על סביבה מטופחת. מאז השלמת הרפורמה במשק החלב, בשנת 2008, מקפידים הרפתנים על הנחיות המשרד להגנת הסביבה ופועלים להמשך ההתייעלות ברפתות. כפועל יוצא ממשיכים רפתנים רבים לחפש דרכים יצירתיות להטמעת ערכי הרפת הירוקה ברפת החלב. כך, למשל, לאור המחסור החמור במי שתייה שנוצר בישראל נבחנות דרכים לניצול המים הנמצאים בשימוש ברפת, וכן לניצול מי הגשמים לשימוש חוזר ברפת ובסביבתה. שיח נרחב בנושא מתקיים בפרסומי הרפתנים.
ביטוי נוסף של הטמעת הערכים הירוקים וההתייעלות הכלכלית הוא התקנת מתקנים סולאריים על גגות רפתות רבות בישראל להפקת אנרגיה מקרני השמש.