מדי פעם מושמעות טענות לגבי נוכחות אנטיביוטיקה בחלב המשווק בישראל. חשוב לדעת כי בארץ קיים תקן הכולל איסור לנוכחות אנטיביוטיקה בחלב, ומתקיימים מנגנוני פיקוח ובקרה הדוקים על כך, שמבוצעים במספר רמות:
בדיקה עצמית של הרפתנים: נערכת ברפת. אנטיביוטיקה ניתנת ככלל רק לפרות חולות. פרות אלה נחלבות אחרונות והחלב שלהן מופרד ממיכל החלב הכללי ואינו נשלח למחלבה.
בדיקה בשער המחלבה: כל החלב המגיע לכל אחת מהמחלבות בישראל עובר בדיקות סף לנוכחות חומרים מעכבים (ביניהם אנטיביוטיקה). כן נבדקים רמת החמיצות של החלב, הטמפרטורה, נוכחות מים בחלב וכן טעם, ריח ומראה. חלב שנמצא חריג מאיזו בחינה נפסל ונשפך לשפד"ן והרפתן נקנס באופן משמעותי. תהליך זה ייחודי לישראל בהיקפו, ובשום מקום בעולם לא נעשות בדיקות בתדירות כזו.
בדיקה של רופאים ווטרינרים ממשרד החקלאות: הווטרינרים עורכים סקר ברפתות ודוגמים מיכלי חלב. בנוסף לנוכחות חומרים מעכבים נבדקת גם נוכחות של חומרי הדברה וחומרים נוספים.
בקרה של משרד הבריאות: דגימות אקראיות של חלב ומוצריו מהרפת, המחלבה והמרכולים. בנוסף לחומרים מעכבים נבדקת גם נוכחות של חומרי הדברה, מתכות כבדות וחומרים נוספים שאסור שיימצאו בחלב.